某舰队两栖侦察兵正在训练场上练习战斗，雪地里的匕首和阵阵杀戮声吸引了舰队儿童学校的三名男孩。领导董海星翻墙试图偷走一把匕首，但被一名海军军官“抓获”。第二天，白欧老师向五年级二班的学生介绍了新来的辅导员梁赤涛。董海星认为他是“敌人”。一天晚上，号角吹响后，五（2）班的宿舍仍然灯火通明，一场“海战”正在肆虐。辅导员梁赤涛来到“战场”，严厉批评了这些违纪的“水兵”。受到处罚的董海星对梁赤涛更加不满。董海星、谢谦和金宝宝是“特种部队舰队”的领导人，自称“将军”。有一天，他们不小心在鲨鱼礁附近听到了一种奇怪的声音。“小将们”决定对此进行调查，并称之为“鲨鱼行动”。他们用一台小型录音机记录下了奇怪的水下声音，并对其进行了分析，认为这是沉船发出的。在国旗语课上，白老师没收了董海星的录音机。在仔细了解情况后，梁赤涛将录音机还给了董海星。结果，三位“小将”认为这位谋士足够有趣，他们的“仇恨”开始平息。有一天，“小将”们再次抵达鲨鱼礁。金宝主动要求潜入水中寻找沉船，但很长一段时间都看不见他们。董海星和谢茜紧急呼救，梁赤涛闻讯迅速跳海，救出了金宝。“小将”心中产生了一种敬佩之情，梁赤涛也深深地爱上了这些小捣蛋鬼。由于把所有精力都花在了“鲨鱼行动”上，董海星在期中考试时“触礁”了。考试期间，他用旗帜向金宝求救，但被宁娜举报。董海星勃然大怒，三位“小将”用一盆洗衣粉水惩罚了“女间谍”。在老师和辅导员的帮助下，“将军们”学会了一个真正的男人必须珍惜友谊，拥有一颗海洋般的心。梁赤涛即将离开五（2）班去执行一项新任务，孩子们非常难过。他们尽力留住了顾问，但无济于事。孩子们深情地唱着《海军陆战队之歌》，并送别了他们的队长。授旗仪式开始，5（2）班被指定为“特种部队舰队”班。全班同学身着海军制服，庄严地站在导弹驱逐舰上，“特种部队舰队”蓝旗高高飘扬在桅杆上。